Az állami felsőoktatási intézmények közül csak a kaposvári, a győri Széchenyi István Egyetem, illetve a nemrég Óbudai Egyetemmé átnevezett, korábban Budapesti Műszaki Főiskola nevet viselő intézmény, valamint a művészeti és nemzetvédelmi egyetemek nem pályáztak a kutatóegyetem címre. Becslések szerint azonban csupán hat-nyolc intézmény kaphatja meg az elismerést.
Pályázott a cím elnyerésére a Népszabadság információi szerint az Eötvös Loránd Tudományegyetem, a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem, a Budapesti Corvinus Egyetem, a Semmelweis Egyetem, a Szegedi Tudományegyetem, a Pécsi Tudományegyetem, a Miskolci Egyetem, a Debreceni Egyetem, a gödöllői Szent István Egyetem, a veszprémi Pannon Egyetem, a soproni Nyugat-Magyarországi Egyetem, illetve a Pázmány Péter Katolikus Egyetem is. Az intézmények kutatási, innovációs tevékenységét a Nemzeti Fejlesztési Ügynökségen keresztül 27 milliárd forinttal díjazzák, külön eljárás alapján.